O rico planalto entre os dois ramos do Vale do Rift foi habitado por bantus e nilotas desde tempos imemoriais e, quando os árabes e europeus ali chegaram, no século XIX, encontraram vários reinos, aparentemente fundados no século XVI, o maior e mais importante dos quais era o ainda existente Buganda.
Esta área foi, em 1888, concedida à Companhia Britânica da África Oriental e, em 1894, o reino do Buganda tornou-se um protectorado do Reino Unido.
Depois de várias manobras, por parte dos britânicos, realizaram-se eleições a 1 de Março de 1961 e Benedicto Kiwanuka tornou-se Ministro-Chefe - (Similar ao Primeiro Ministro Britânico, porem, totalmente dependente da Coroa) de Uganda, ainda como uma commonwealth e tornou-se independente em 9 de Outubro de 1962.
Nos anos seguintes, verificou-se uma luta política entre os apoiantes de um estado centralizado, em vez da federação vigente baseada nos reinos. Como resultado, em Fevereiro de 1966, o então Primeiro Ministro Apollo Milton Obote - ( Seu nome completo é esse, porem é mais conhecido como Milton Obote) suspendeu a constituição, assumiu todos os poderes e depôs o Presidente e o Vice-Presidente.
Em Setembro de 1967, uma nova constituição proclamou Uganda como uma república, deu ao presidente poderes adicionais e aboliu os reinos tradicionais.