Embora mareantes austronésios ou mercadores árabes possam ter sido os primeiros a visitar as desabitadas Seychelles, o primeiro registo europeu conhecido do avistamento das ilhas ocorreu em 1502, pelo Almirante português Vasco da Gama, que atravessou as Ilhas Amirante, nomeando-as em honra de si próprio (ilhas do Almirante).
A primeira visita a terra registada e a primeira descrição escrita do arquipélago deve-se à tripulação do East Indiaman inglês Ascension em 1609. Fazendo parte da rota comercial entre a África e a Ásia, as ilhas eram ocasionalmente utilizadas por piratas até os Franceses iniciarem o controlo do arquipélago em 1756, quando a Pedra da Possessão foi colocada pelo Capitão Nicholas Morphey.
As ilhas foram nomeadas em honra de Jean Moreau de Séchelles, Ministro das Finanças de Luís XV.
Os Britânicos disputaram o controlo das ilhas com os Franceses entre 1794 e 1812. Jean Baptiste Quéau de Quincy, o administrador francês das Seychelles durante os anos da guerra com o Reino Unido, preferiu não resistir quando os navios inimigos chegaram.
Em vez disso, Quincy negociou com sucesso a capitulação aos Britânicos, que conferiu aos colonos uma posição privilegiada de neutralidade.