As ilhas de São Tomé e Príncipe estiveram desabitadas até 1470, quando os navegadores portugueses João de Santarém, Pêro Escobar e João de Paiva as descobriram.
A cana-de-açúcar foi introduzida nas ilhas no século XV, mas a concorrência brasileira e as constantes rebeliões locais levaram a cultura agrícola ao declínio no século XVI. Assim sendo, a decadência açucareira tornou as ilhas entrepostos de escravos.
Numa das várias revoltas internas nas ilhas, um escravo chamado Amador, considerado herói nacional, controlou cerca de dois terços da ilha de São Tomé. A agricultura só foi estimulada no arquipélago no século XIX, com o cultivo de cacau e café.
Durante estes dois séculos do Ciclo do Cacau, criaram-se estruturas administrativas complexas. Elas compunham-se de vários serviços públicos, tendo a sua frente um chefe de serviço. As decisões tomadas por este tinham de ser sancionadas pelo Governador da Colónia, que para legislar, auxiliava-se de um Conselho de Governo e de uma Assembleia Legislativa.
Durante muito tempo o governador foi o comandante-chefe das forças armadas, até que com a luta armada nos outros territórios sob o seu domínio, se criou um Comando Independente. Fora da sua alçada encontrava-se a Direção-Geral de Segurança (DGS).
O Governador deslocava-se periodicamente a Lisboa, para informar o governo colonial e dele trazer instruções.