O arquipélago das Marquesas foi provavelmente descoberto e colonizado por navegadores polinésios, uma civilização bastante dinâmica que se guiava apenas com o seu conhecimento de ondas, constelações e ventos em suas navegações, vindos de Samoa cerca de 200 a.C..
Das Marquesas, os polinésios descobriram outras ilhas muito distantes, como Havaí, ao norte, Nova Zelândia, chamada pelos polinésios de Aotearoa, ao sul, e ilha de Páscoa, conhecida por eles como Rapa Nui, a leste. O arquipélago de Gambier foi provavelmente descoberto e colonizado em cerca de 300 d.C., o arquipélago da Sociedade em cerca de 400 d. C., o arquipélago de Tuamotu em cerca de 600 d. C. e o arquipélago das Austrais cerca de 800 d. C.
Estes povos estavam no período neolítico, e sua subsistência baseava-se na cultura do taro, do inhame, da batata-doce, da cana-de-açúcar, do coco, da banana e de fruta-pão, da criação de porcos e galinhas e da pesca.
O primeiro contacto europeu com a Polinésia Francesa ocorre em 24 de Janeiro de 1521, quando o português Fernão de Magalhães descobre Puka Puka, um atol do arquipélago de Tuamotu. Onze anos mais tarde, em 1595, o espanhol Álvaro de Mendaña e o português Pedro Fernandes de Queirós descobrem o arquipélago das Marquesas, mas mantiveram a sua descoberta em segredo para evitar a aproximação de outros poderios europeus.