Os primeiros indícios da presença humana no território peruano datam de aproximadamente 10.560 a.C. A mais antiga sociedade complexa conhecida no Peru e nas Américas, a civilização Caral, floresceu ao longo da costa do Oceano Pacífico entre 3000 e 1800 a.C.
Estes desenvolvimentos iniciais foram seguidos de culturas arqueológicas, como Cupisnique, Chavin, Paracas, Mochica, Nazca, Wari e Chimu. No século XV, os Incas emergiram como um poderoso Estado que, no espaço de um século, formaram o maior império da América pré-colombiana.
Sociedades andinas foram baseadas na agricultura, utilizando técnicas como a irrigação e terraceamento, pecuária de camelídeos e pesca também eram importantes.
A organização era baseada no princípio da reciprocidade e redistribuição, porque estas sociedades não tinham nenhuma noção de mercado ou o dinheiro.
Nos anos entre 1524 e 1526 a varíola, introduzida a partir do Panamá e antes da conquista espanhola varreu o Império Inca. A morte do governante Inca Huayna Capac, bem como a maioria de sua família, incluindo seu herdeiro, causou a queda da estrutura política Inca e contribuiu para a guerra civil entre os irmãos Atahualpa e Huáscar.