Restos fossilizados de Homo erectus, popularmente conhecido como O homem de Java, segerem que a indonésia tenha sido habitada há dois milhões de anos, aproximadamente. Os austronésios, que constituem a maioria da população moderna do país, emigraram ao sudeste asiático desde Taiwan.
Por volta do ano 2.000 a.C., chegaram a Indonésia e expandiam seus territórios a ilhas melanésias do oriente. Nos princípios do século VIII a.C. as condições agrícolas ideais e o aperfeiçoamento das técnicas do cultivo do arroz permitiram o surgimento de pequenas aldeias e reinos.
A posição estratégica da Indonésia promoveu comércio entre as ilhas e intercontinental. Por exemplo, as relações com os reinos da China e da Índia se estabeleceram há vários séculos antes de Cristo, o que demonstra que o comércio sempre fez parte da história da Indonésia.
Entre os séculos VII e XIV, formaram-se nas ilhas de Samatra e Java vários reinos hindus e budistas mas, com a chegada de comerciantes árabes de Gujarate (Índia), no século XII, o Islão tornou-se a religião dominante na maior parte do arquipélago.