As Ilhas Virgens foram primeiramente colonizadas por índios Arawak da América do Sul por volta de 100 a.C. (embora haja evidência da presença de Ameríndios nas ilhas anteriormente ao ano de 1500 a.C.).
Os Arawaks habitaram as ilhas até o século XV, quando foram expulsos pelos Caraíbas, uma tribo mais agressiva das ilhas das Pequenas Antilhas, e de quem originou-se o nome Mar do Caribe. (Alguns historiadores, entretanto, acreditam que essa crença popular de que os guerreiros caraíbas caçavam os pacíficos arawaks pelas ilhas caribenhas está arraigada em estereótipos europeus simplistas, e que a verdadeira história é mais complexa.)
O primeiro europeu a avistar as Ilhas Virgens foi Cristóvão Colombo em 1493 em sua segunda viagem para as Américas. Colombo deu-lhes o extravagante nome de Santa Ursula y las Once Mil Vírgenes (Santa Úrsula e suas 11 000 Virgens), abreviado para Las Vírgenes (As Virgens), devido à lenda de Santa Úrsula.
O Império colonial espanhol adquiriu as ilhas no início do século XVI, as minas de cobre da Virgem Gorda, e anos posteriores viram os ingleses, neerlandeses, franceses, espanhóis e dinamarqueses travarem uma disputa pelo controle da região, que tornou-se um importante refúgio de piratas. Durante o processo de colonização a população de nativos ameríndios foi dizimada.