Em 1909, as colónias espanholas de Elobey, Annobón, Corisco, Fernando Póo e Guinea Continental Española foram unidos sob uma administração única, formando os Territorios Españoles del Golfo de Guinea ou Guinea Española.
Em 1935, a colónia foi subdividida em dois distritos: Fernando Póo (a ilha de Annobón, com a capital Santa Isabel) e Guinea Continental (com a capital Bata, e as pequenas ilhas de Corisco e Elobey).
Em 1960, os dois distritos tornaram-se províncias ultramarinas de Espanha e designadas Fernando Póo e Rio Muni. Em 1963 as províncias foram combinadas na região autónoma da Guinea Ecuatorial e, finalmente, em 12 de Outubro de 1968 tornaram-se num país independente.
Foi governado por dez anos, na década de 1970, por Francisco Nguema, que assassinou milhares de opositores. Nguema usou a ignorância do povo e muita propaganda para se manter no governo pelo terror, até que foi deposto, em 1979.
O atual presidente, Teodoro Obiang foi eleito pela revista Forbes o oitavo governante mais rico do mundo.