Antes da chegada dos Europeus e até o século XVII, a quase totalidade do território da Guiné-Bissau integrava o reino de Gabu, tributário do legendário Império Mali, dos mandingas, que florescera a partir de 1235 e subsistiu até o século XVIII.
O primeiro navegador e explorador europeu a chegar à costa da actual Guiné-Bissau foi o português Álvaro Fernandes, em 1446. À época, a região era habitada por vários povos - balantas, fulas, manjacos, felupes, mandingas, papéis e outros. A colonização só tem início em 1558, com a fundação da vila de Cacheu.
A princípio somente as margens dos rios e o litoral foram exploradas. A colonização do interior só se dá a partir do século XIX. No século XVII, foi instituída a Capitania-Geral da Guiné Portuguesa. Mais tarde, durante o Estado Novo de Salazar, a colonia passaria a ter o estatuto de província ultramarina, com o nome de Guiné Portuguesa.
A vila de Bissau foi fundada em 1697, como fortificação militar e entreposto de tráfico de escravos. Posteriormente elevada a cidade, tornar-se-ia a capital colonial, estatuto que manteve após a independência da Guiné-Bissau.