Muitos historiadores acreditam que as Filipinas foram colonizadas no Paleolítico, quando um povo asiático atravessou por meio de embarcações de madeira o caminho que leva à região. Descobertas mais recentes parecem indicar que as ilhas podem ter sido habitadas desde a era pleistocênica.
A primeira grande corrente migratória chegou a essa região através do sul. Acredita-se que esses imigrantes eram de origem indonésio-caucasiana, possuindo um grau de civilização mais adiantado que as tribos nativas.
Posteriormente ocorreram mais duas grandes correntes migratórias. Cada nova corrente sucessivamente impeliu os habitantes originais a procurarem terra ao norte.
A corrente migratória seguinte, cujo apogeu foi no século XIV, veio do reino madjapahit e trouxe consigo a religião muçulmana.
Fernão de Magalhães, um navegador português a serviço do Rei de Espanha, descobriu as ilhas no século XVI, introduzindo-as ao cristianismo. Os espanhóis estabeleceram sua capital em Manila a partir de 1571, garantindo seu domínio por mais de trezentos anos.
O herói nacional das Filipinas, o linguista, escritor, artista, médico e cientista José Rizal iniciou um movimento de reforma. Ao mesmo tempo, uma sociedade secreta chamada Katipunan, chefiada por Andrés Bonifácio, começou a revolução, dando aos espanhóis a desculpa que precisavam executar Rizal, que se encontrava em exílio em Dapitan, Mindanao (sul do país).