Culturas indígenas avançadas floresceram no Equador mesmo antes de a região ser conquistada pelo Império Inca do século XV. Em 1534, chegaram os espanhóis que, derrotando os exércitos incas, iniciaram a colonização europeia. Nas primeiras décadas de dominação espanhola a população indígena foi dizimada pelo contágio de doenças às quais os nativos não eram imunes, tempo em que os nativos também foram forçados ao trabalho para os proprietários de terras espanhóis no sistema de trabalho de encomienda. Em 1563, a cidade de Quito foi elevada à categoria de distrito administrativo da monarquia espanhola.
Em 1822 forças locais se organizaram e derrotaram o exército monarquista se unindo à "Gran Colômbia", república fundada por Simón Bolívar, da qual só veio a separar-se no dia 13 de maio de 1830. A República do Equador é um dos três países que emergiram do colapso da "Grã-Colômbia" em 1830 (os outros são a Colômbia e a Venezuela).
O século XIX foi marcado por instabilidades, com rápidos movimentos políticos e institucionais. O conservador Gabriel García Moreno unificou o país nos anos de 1860 com o apoio da Igreja católica.
Com o aumento da demanda mundial de cacau, desde o início de 1800, produziu-se uma migração dos altiplanos em direção à fronteira agrícola da costa do Pacífico.