Inicialmente habitada por um povo nativo oriundo de Madagáscar e das migrações polinésias vindas do leste, foi ponto de passagem do rico comércio feito pelos árabes que iam para o sul da costa leste Africana em busca de Marfim e escravos.
Posteriormente as ilhas Comores foram "descobertas" em 1505 pelos portugueses para depois serem colonizadas e administradas pela França. A partir do século XIX foram negligenciadas pelo colonizador. Em 1975, tornaram-se independentes e passaram a formar a República Federal Islâmica das Comores.
Em 1997, as ilhas de Nzwani e Mwali declaram independência, desencadeando conflitos entre tropas do governo e separatistas de Nzwani. Após negociações, em 1999 é assinado um acordo que institui um governo rotativo entre as três ilhas. No mesmo ano, porém, é registrado o 19º golpe de Estado no país em 25 anos.
Em 2001, 77% dos eleitores aprovam a nova Constituição que muda o nome do país para União de Comores e garante mais autonomia para as ilhas.