A tradição situa o início da sua história no século VII, quando o rei tibetano Songtsen Gampo construiu os primeiros templos budistas nos vales de Paro e de Bumthang. No século VIII, é introduzido o budismo tântrico pelo Guru Rimpoché, "O Mestre Precioso", considerado o segundo Buda na hierarquia tibetana e butanesa.
Os séculos IX e X são de grande turbulência política no Tibete e muitos aristocratas vieram instalar-se nos vales do Butão onde estabeleceram o seu poder feudal.
Nos séculos seguintes, a actividade religiosa começa a adquirir grande vulto e são fundadas várias seitas religiosas, dotadas de poder temporal por serem protegidas por facções da aristocracia. No Butão estabeleceram-se dois ramos, embora antagônicos, da seita Kagyupa.
A sua coexistência será interrompida pelo príncipe tibetano Ngawang Namgyel que, fugido do Tibete, no século XVII unifica o Butão com o apoio da seita Drukpa, tornando-se no primeiro Shabdrung do Butão, "aquele a cujos pés todos se prostram". Ele mandaria construir as mais importantes fortalezas do país que tinham como função suster as múltiplas invasões mongóis e tibetanas. O relato da época foi feito por Estêvão Cacella, o primeiro europeu a entrar no Butão.
Este missionário jesuíta português, que viajou através dos Himalaias em 1626, encontrou-se com o Shabdrung Ngawang Namgyel e no fim de uma estadia de quase oito meses escreveu uma longa carta do Mosteiro Chagri relatando as suas viagens.