Em 1885, na Conferência de Berlim, as potências europeias partilham a maior parte da África. O território do atual Burundi é entregue à Alemanha. A chegada dos colonos alemães, a partir de 1906, agrava antigas rivalidades entre os hutus (maioria da população) e a minoria tutsi, que exercia um poder monárquico.
Os tutsis ganham status de elite privilegiada, com acesso exclusivo à educação, às Forças Armadas e a postos na administração estatal. Após a Primeira Guerra Mundial, o Burundi é unificado com a vizinha Ruanda, ficando sob tutela da Bélgica, que mantém as prerrogativas dos tutsis. Em 1946, a tutela passa para a Organização das Nações Unidas (ONU).
Em 1962, o país torna-se independente, sob monarquia tutsi. Com a saída da força militar belga, a luta pelo poder transforma-se em conflito étnico e alcança toda a sociedade. Os ressentimentos acumulados desde o período colonial explodem em 1965, quando uma rebelião hutu é esmagada pelo governo. No ano seguinte, a monarquia é derrubada por um golpe de Estado liderado pelo primeiro-ministro, Michel Micombero, que proclama a república e assume a Presidência.
As décadas seguintes são marcadas por uma sucessão de golpes de Estado e intrigas palacianas entre os tutsis e pela perseguição aos hutus. Rebeliões entre 1972 e 1988 causam a morte de dezenas de milhares de pessoas.