Tal como toda a África ocidental, o Burkina Faso foi povoado em tempos remotos, com destaque para os caçadores-recolectores da parte noroeste do país (12 000 a 5 000 a.C.), cujas ferramentas (raspadeiras, cinzéis e pontas de seta) foram descobertos em 1973.
Entre 3.600 e 2.600 a.C. surgiram povoamentos de agricultores, e os vestígios dessas estruturas deixam a impressão de edifícios relativamente permanentes. O uso do ferro, cerâmica e pedra polida desenvolveu-se entre 1.500 e 1.000 a.C., tal como a preocupação com os assuntos espirituais, como é demonstrado pelos restos de enterramento que têm sido descobertos.
Em 1896, o reino Mossi de Uagadugu tornou-se protectorado francês depois de ser derrotado pelas forças francesas. Em 1898, a maior parte da região que corresponde hoje ao Burkina Faso foi conquistada. Em 1904, estes territórios foram integrados na África Ocidental Francesa, no coração da colónia do Alto-Senegal-Niger (Haut-Sénégal-Niger).
A 4 de Setembro de 1947, o Alto Volta foi recriado nas suas fronteiras de 1932. A 11 de Dezembro de 1958, alcançou o auto-governo, e tornou-se numa república membro da Comunidade Franco-Africana (La Communauté Franco-Africaine).
A independência completa foi atingida em 1960. O primeiro golpe militar ocorreu em 1966, e o país regressou ao governo civil em 1978.