O território boliviano é habitado há mais de 12 000 anos. No local foram formadas várias culturas, principalmente nos Andes, destacando-se especialmente a cultura Tiwanaku e os reinos aymaras posteriores à expansão Wari. Estes reinos foram, por sua vez, anexados ao Império Inca no século XIII.
A Cultura Tiwanaku, se desenvolveu em torno do centro cerimonial homônimo próximo ao lago Titicaca. A sua fundação ocorreu provavelmente antes do ano 300. Posteriormente, a cultura inca estabeleceu um vasto império no século XV, pouco antes da chegada dos espanhóis.
Durante esse século, a Bolívia esteve ocupada por vários grupos de língua aymara (collas, pacajes, lupacas, omasuyos), destacando-se os collas, que dominaram un vasto território e lutaram com os quechuas de Cusco pelo controle da região.
Os collas foram derrotados pelo inca Pachacuti, que se apoderou de quase todo o planalto boliviano. A Bolívia constitui durante quase um século uma das quatro grandes divisões do Tahuantinsuyo (Império inca) sob o nome de Collasuyo.
Estas antigas civilizações deixaram grandes monumentos arquitetônicos e atualmente as línguas aymara e quechua são muito difundidas no país.