D. João III faleceu em 1577 . Para assumir o trono português foi escolhido seu neto, D. Sebastião, que faleceu, em 1578. Sucedendo-o veio seu primo, o cardeal D. Henrique, falecendo rapidamente em 1579. É importante frisar que no período da União Ibérica, o nordeste brasileiro foi invadido pelos holandeses, sendo que nessa região uma nova bandeira foi hasteada: a Bandeira do Brasil Holandês. Felipe II foi sucedido por Felipe III e Felipe IV, mas após um revolta dos portugueses, a coroa foi restituída a um monarca português, D. João IV, primeiro rei da casa de Bragança.
Juntamente com D. João IV foi criada uma nova bandeira: a Bandeira da Restauração. Essa bandeira mantinha o escudo real e o campo branco, mas agora orlado de azul. Essa orla em azul foi colocada para homenagear a padroeira de Portugal, Nossa Senhora da Conceição, pois seu manto era azul. Também conhecida como "Bandeira de D. João IV", O fato mais importante que presidiu foi a expulsão dos holandeses de nosso território.